Просто смотрим в каком формате скаченная прошивка:
Бывают установочные ZIP "пакеты" - внутри обычно содержатся папки и одна из них META-INF. Ставить через меню install в рекавери. такими пакетами бываю моды, прошивающие 1-2 файла в телефон, или полая прошивка (boot+system) заменяющая все целиком.
Бывают архивы с бэкапами - обычно рекавери при выполнении backup сохраняет образы system, boot, data,cache в папку на карте памяти и дополняет их md5-суммами (например neXus кладет их в clockworkmod/backup/<дата бэкапа>) а уж потом это архивируется и выкладывается - прошивается это в обратной последовательности - распаковать на карточку, запустить рекавери, искать там пункты restore и затем ...from external sd card.
Если телефон S-ON, то рекавери не может прошить boot.img и приходится дополнительно после прошивки извлекать из архива этот бут (в папку с adb) и прошивать через фастбут командой "fastboot flash boot boot.img".
рекавери бывают разные но все похожи по функциям - меню install для установки "пакетов", меню restory/backup для слива/восстановления бэкапа конкретной прошивки. Также есть пункты wipe dalvik cacke и wipe data(factory reset) - они сбрасывают телефон к заводским установкам и на сленге часто говорят "два вайпа перед прошивкой" т.е. сделать оба пункта а потом шится. Вообще при смене прошивки например с китая на россию рекомендуется делать вайпы ДО прошивки. Рекавери не шьют радио и hboot (при S-ON эти модули обновляются только через OTA) и будут ли они конфликтовать с той прошивкой, которую собрались ставить нужно уточнять.
RUU....signed.exe - этим пользуются в сервисах при заливке оригинальных прошивок через компьютер. шить можно строго только подходящую тебе прошивку. В отличии от остальных выше, заменяет радио и hboot. Соединяется через кабель с телефоном (последний нужно ввести в режим фастбут), все делает автоматика.